En rejoignant volontairement les Forces Aériennes Françaises Libres (FAFL) du général de Gaulle à l'été 1940, le Détachement Permanent des Forces Aériennes du Tchad (DPFAT) basé à Fort Lamy en Afrique Équatoriale Française (AFF) va marquer du sceau de la France libre toute la suite de son histoire.

    C'est le 1er juillet 1942, à partir des FAT, qu'est effectivement mis sur pied le Groupe "Bretagne" ; avec deux escadrilles baptisées "Rennes" et "Nantes". Avec ses Westland Lysander et ses Martin Maryland, le "Bretagne" va alors participer à campagne du Fezzan en Libye. Les succès des Alliés en Afrique septentrionale vont décider subséquemment du devenir du "Bretagne" puisque en janvier 1943 on le retrouve stationné en Libye, en avril suivant en Tunisie puis, en août, au Liban avant qu'il vienne, en octobre, prendre ses quartiers d'hiver à Châteaudun-du-Rhumel, près de Telergma, en Algérie. C'est là qu'il entame sa conversion sur bombardier moyen Martin B-26 Marauder et qu'il devient officiellement, en mai 1944, le Groupe de Bombardement 11/20 "Bretagne" au sein de la nouvelle Armée de l'Air. Il sera de tous les combats liés à la libération de la France. 

    Au lendemain de la défaite nazie, le "Bretagne" sera chargé du rapatriement des familles de prisonniers de guerre et c'est, assez naturellement, qu'il sera transformé en Groupe de Transport 1/63 "Bretagne" en septembre 1947. Il continuera sa carrière de transporteur jusqu'en 1965, volant successivement sur AAC-1 Toucan, C-47 puis Nord 2501. Sa dissolution en tant que GT 1/63 va précéder de peu sa remise sur pied comme Escadron de Bombardement 2/91 "Bretagne", le 1er décembre 1964, à Cazaux (Gironde). Il est alors le second "EB" sur Mirage IVA.

    La carrière de l'EB 2/91 démarre véritablement le 1er avril 1965 jour de l'arrivée à Cazaux du premier Mirage IVA affecté au "Bretagne". À compter de cette date, le "Bretagne" marchera presque dans les pas du "Gascogne" - son aîné - et survivra jusqu'en juillet 1996, date de sa dissolution pour cause de restrictions budgétaires, à toutes les restructurations de la composante pilotée des FAS. À ce titre, l'EB 2/91 "Bretagne" fut aussi le seul avec l'EB 1/91 à voler sur Mirage IVA et sur Mirage IVP.