Haute-Saône et Arbois sont de vieilles connaissances ; et les noms de grands crus, donnés à une unité aérienne, une bien ancienne et sympathique tradition des bombardiers... C'est donc le nom d"Arbois" que reçoit, le 20 février 1967, l'Escadron de Bombardement 3/94 officiellement créé à Luxeuil-Saint Sauveur, un an plus tôt, le 1er février 1966. Il est alors la dernière et la plus jeune des nouvelles unités de bombardement mises sur pied par les FAS. Il obtient en legs l'héritage du Groupe de Bombardement 1/23 et de ses deux escadrilles, les BR 127 et 128 de la Grande Guerre.

    Le tout premier Mirage IVA affecté à l'EB 3/94 atterrit sur la base le 1er, juin 1966. Les personnels de l'EB 3/94 disposent alors d'un fort encadrement assuré par le CIFAS de Bordeaux et, fort de l'expérience déjà acquise par les FAS, la montée en puissance de l'escadron est rapide. À l'hiver 1966, les premières prises d'alerte ont lieu sur la base francomtoise. L'EB 3/94 est bon pour le service.

    En juillet 1976, au terme d'une décennie agitée et dans le cadre de la restructuration des FAS, l'Escadron de Bombardement 3/94 devient escadron renforcé. Sa dotation en Mirage IVA augmente et passe alors de deux à sept, tandis que celle des équipages monte de huit à onze. En mai 1977, à l'occasion de l'exercice "Fantasia", l'escadron emporte la coupe Commandant Héliot. Il renouvellera son exploit deux ans plus tard. L'année 1983 marque la fin d'une vie active de 17 ans puisque l'Escadron de Bombardement 3/94 "Arbois" est dissous officiellement le 30 septembre pour complaire à la nouvelle réduction des moyens en avions des FAS.